Die Klinische Abteilung für Gastroenterologie und Hepatologie ist seitens der Österreichischen Ärztekammer ermächtigt, Ärzt:innen zu Fachärzt:innen für Innere Medizin auszubilden sowie zu Additivfachärzt:innen für Gastroenterologie und Hepatologie und für Internistische Intensivmedizin. Diese Aufgabe wird von bereits etablierten Fachärzt:innen und entsprechenden Additivfachärzt:innen regelmäßig durchgeführt.
Die Klinische Abteilung für Gastroenterologie und Hepatologie nimmt auch an der Aus- und Weiterbildung des diplomierten Kranken- und Gesundenpflegefachdienstes teil, wobei Schüler:innen der Krankenpflegeschulen von Wien und Umgebung vor allem zum Praktikum eingesetzt und entsprechend geschult werden. In ähnlicher Weise absolvieren auch Schüler:innen der Akademie für den Diätdienst und Ernährungsmedizinischen Beratungsdienst Praktika an der Klinischen Abteilung für Gastroenterologie und Hepatologie und einige werden auch bei ihrer Diplomarbeit betreut.
Den Ärzt:innen der Klinischen Abteilung für Gastroenterologie und Hepatologie wird eine regelmäßige abteilungsübergreifende ärztlich-medizinische Fortbildung gemeinsam mit den anderen Abteilungen der Universitätsklinik für Innere Medizin III angeboten (Gastroenterologisch-hepatologische Fortbildung, Klinikfortbildung, Digestive Research Seminare). Die Ärzt:innen nehmen regelmäßig aktiv und auch als Zuhörer:innen teil an fachspezifischen regionalen und internationalen Tagungen. In ähnlicher Weise werden auch die Mitglieder des Pflegebereiches sowie des Bereichs der Diätologie und Ernährungsberatung in weiterführenden Schulungen regelmäßig weitergebildet. Als Beispiel für eine gut etablierte nationale Fortbildungsveranstaltung mit kontinuierlichem Charakter organisiert und gestaltet die Klinische Abteilung für Gastroenterologie und Hepatologie organisiert seit 1995 jährlich einen Postgraduiertenkurs Endoskopie, der von aktiven Endoskopiker:innen/Gastroenterolog:innen und von Endoskopie-Assistenzpersonal aus ganz Österreich und einigen Nachbarländern besucht wird.
Weiters wurde zu Ehren von Herrn Prof. Dr. Hans Popper und zur Stärkung der internationalen Sichtbarkeit der multidisziplinären hepatologischen Forschung an der Medizinischen Universität Wien die „International Hans Popper Lectureship“ ins Leben gerufen, welche jährlich an eine international renommierte Forschungspersönlichkeit auf dem Gebiet der Hepatologie vergeben wird.